Фамилия Софиенко восходит к женскому имени София, которое в переводе с греческого на русский язык означает «премудрая». Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе фамилии лежит имя Софий — народная форма крестильного мужского имени Софоний (Софон, Сафон), которое было весьма популярным в старину и означало «господь защищает». В этом случае можно предположить, что основатель рода Софиенко был выходцем из рабочей или крестьянской среды.