Фамилия Сойканин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а птичье прозвище. Она образована от слова «сойка» — лесной птицы с ярким оперением и характерным скрипучим криком. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — сойканин, то есть сын или потомок Сойки. В русской ономастике это типичная патронимическая модель, но с необычной основой: прозвище Сойка давали не за внешность, а за поведение.

Прозвище Сойка мог получить человек говорливый, крикливый или тот, кто подражал чужим голосам — сойка известна способностью передразнивать других птиц. В северных и центральных губерниях России такое прозвище фиксировалось в писцовых книгах XVII века, но фамилия Сойканин встречается крайне редко. Она почти не попала в массовые списки однодворцев или крестьян, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной или двух соседних волостях.

Интересно, что в отличие от фамилий Сойкин или Сойков, которые встречаются чаще, форма на «-анин» — архаичная. Суффикс «-анин» в русских фамилиях обычно обозначает принадлежность к месту (например, Рязанин, Тверитин), но в случае с Сойканиным он мог возникнуть как вариант патронима по модели «князь — княжанин», «поп — попанин». Либо это результат искажения исходной формы «Сойкин» в делопроизводстве — при переписях писцы могли записать на слух «Сойканин» вместо «Сойкин», и вариант закрепился.

Скорее всего, предок носителя фамилии жил в лесной местности, где сойки были обычны, и получил меткое прозвище от соседей. Сведений о дворянском происхождении Сойканиных нет — фамилия явно крестьянская или мещанская. В современных базах данных она встречается единично, в основном на северо-западе России, что подтверждает её узкую географию.