Фамилия Сойникова образована от прозвища или мирского имени Сойник. В старину сойником называли место, открытое солнцу, — поляну, пригорок или участок, куда в течение дня почти не падала тень. Прозвище Сойник могли дать человеку, чей дом стоял на таком солнечном месте, или тому, кто любил проводить время на открытом воздухе, «на солнышке». Такой человек и стал родоначальником фамилии.

Возможна и вторая версия: фамилия связана с названием населённого пункта. Однокоренные топонимы встречаются в славянских землях, например, село Шойник в Албании. Если предок носителя фамилии был выходцем из местности с похожим названием, его могли записать по месту прежнего жительства — Сойник. Тогда фамилия отвечает не на вопрос «какой?», а на вопрос «откуда?».

Суффикс -ов- в фамилии указывает на принадлежность: Сойникова — дочь или жена Сойника. Такая модель типична для русских фамилий, оформившихся в XV–XVII веках, когда прозвище отца переходило к детям в притяжательной форме. Женская форма Сойникова, соответственно, закрепилась в семьях, где главой был Сойников.

Слово «сойник» не стоит путать с названием птицы сойки — это разные основы. Сойка дала бы фамилию Сойкин или Сойкина, а здесь корень связан именно с солнцем, солнечным светом. В говорах встречались и другие производные: сойма, соймище — в значении открытого, прогреваемого места.

Стоит отметить, что фамилия редкая, в старинных переписных книгах она почти не фиксируется. Это говорит о локальном происхождении: род, вероятно, возник в одном из северных или центральных регионов России, где слово «сойник» было в ходу, и долго оставался в пределах своей округи. Потомок человека, которого звали Сойником, со временем получил фамилию Сойникова, и она сохранила память о том, что предки жили на виду, на солнечном припёке.