Фамилия Сойтан — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В русском языке нет слова «сойтан», поэтому её корни почти наверняка иноязычные. Самый вероятный путь — тюркский, где «сой» означает «род, племя», а «тан» — «тело, стан» или просто усилительная частица. Вместе «сойтан» могло звучать как «из хорошего рода» или «знатного племени». Прозвище с таким значением давали человеку, который кичился происхождением или действительно принадлежал к уважаемой семье, — в среде татар, башкир, казахов или народов Кавказа.

Модель образования фамилии — без суффикса, что для русских фамилий редкость. Обычно русские фамилии заканчиваются на -ов, -ин, -ский. «Сойтан» же остался в исходной форме, как это часто бывает с фамилиями тюркского или арабского происхождения (сравните: Ахмет, Муса, Абдул). Это указывает на то, что носитель фамилии или его предки не были крестьянами в центральной России, где фамилии «обрусевали» через суффиксы. Скорее всего, предки Сойтанов — служилые татары, выходцы из Золотой Орды, которые поступали на службу к московским князьям, или жители южных и восточных окраин Российской империи.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища «Сойтан» в среде староверов или переселенцев. В некоторых говорах «сойтан» — искажённое «сайтан» (чёрт, шайтан). Но тогда фамилия писалась бы через «а» и встречалась бы чаще. Поскольку вариант с «о» устойчив и редок, тюркская версия с корнем «сой» выглядит убедительнее.

Географически фамилия сегодня встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди казанских татар в диаспоре. В дореволюционных списках дворянства и купечества Сойтаны не значатся — это фамилия крестьянская или мещанская, что подтверждает её прозвищное, а не титульное происхождение. Однокоренных фамилий в русском языке нет, но в тюркских ареалах встречаются Сойтанов, Сойтанович — уже как русифицированные варианты.