Фамилия Спасеев — редкий пример, где церковная лексика перешла в фамильное прозвище не через имя, а напрямую. В основе лежит слово «Спас» (Иисус Христос, Спаситель) или производное от названия церковного праздника — Спас (Медовый, Яблочный, Ореховый). Суффикс -еев указывает на патронимическую модель: Спасеев — «сын Спасея». Но если бы фамилия была образована от канонического имени Спас (которого в святцах нет), она выглядела бы как Спасов. Форма Спасеев заставляет искать другое объяснение.

Вероятнее всего, Спасеев — это русифицированная форма отчества от прозвища Спасей. В русских говорах «спасей» могли называть человека, родившегося в один из Спасов (14, 19 или 29 августа по старому стилю). Такие «праздничные» прозвища были распространены: Рождественский, Успенский, Благовещенский. Но здесь не суффикс -ский, а более простонародный -ей, что характерно для южнорусских и украинских земель. В украинском языке фамилия Спасеев могла возникнуть от имени Спасей — уменьшительной формы от Спаситель, которую давали ребёнку в крестьянских семьях как оберег.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование: фамилия могла быть дана священнику или церковнослужителю при храме, освящённом в честь Спаса. В духовном сословии часто давали фамилии по названию храма: Преображенский, Спасский. Однако Спасеев — не типичная семинарская фамилия, в них преобладает суффикс -ский. Скорее всего, Спасеев — крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где церковные термины переосмысливались бытово.

Географически фамилия встречается редко, но чаще фиксируется в южных областях России (Воронежская, Ростовская) и на Украине. В метрических книгах XIX века Спасеевы записаны как государственные крестьяне, реже — как казаки. Фамилия не попала в дворянские родословные книги, что подтверждает её народное происхождение.

С точки зрения словообразования, Спасеев стоит в одном ряду с фамилиями Спасов, Спасский, Спасевич. Но если Спасов — прямое отчество от имени Спас (редкое), а Спасский — семинарская фамилия, то Спасеев занимает промежуточное положение: это отчество от прозвища, которое в свою очередь произошло от церковного понятия. Такой тип фамилий — «народный патроним на -еев» — характерен для южнорусского ареала, где суффикс -ей в прозвищах был активен.