Фамилия Станакин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Скорее всего, перед нами не крестьянское прозвище по ремеслу и не производное от канонического имени, а «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта. Основа «Станак-» встречается в топонимике русского Севера и Урала: есть, к примеру, деревни Станак и Станаки в бывшей Вологодской губернии и в Кировской области. Жителя такой деревни называли «станак», а его потомок получал фамилию с суффиксом принадлежности -ин: Станакин — буквально «сын станака», то есть выходца из Станака.

Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно прикрепляется к основам, оканчивающимся на -а или -я (ср. Пушкин, Репин). Форма «Станак» (а не «Станаков») подсказывает, что исходное прозвище или название было мужского рода на твёрдый согласный, но фамилию переделали по модели «чей?» — «Станакин», хотя по правилам от «Станак» следовало бы ждать «Станаков». Такая замена суффикса — не ошибка, а живой процесс: в северных говорах и в среде однодворцев фамилии на -ин иногда вытесняли более привычные -ов, если основа звучала как имя или прозвище на -а.

Есть и другая, менее вероятная возможность: в некоторых диалектах «станак» или «станок» — это не только ткацкий станок, но и небольшой постоялый двор, станция или даже ловушка для зверей. В этом случае прозвище Станак мог получить либо содержатель такого места, либо мастер по изготовлению станков. Однако эта версия слабее: прозвища от названий жилья или орудий труда обычно давали по функции («Столяр», «Кузнец»), а не по предмету без уточнения. К тому же фамилия Станакин почти не встречается в центральных губерниях, где ткачество было массовым, зато фиксируется именно на Вятке и в Поморье — там, где топоним «Станак» вполне реален.

В документах фамилия редкая и не принадлежала ни дворянству, ни духовенству. Скорее всего, предки Станакиных — государственные или черносошные крестьяне северных волостей. Перепись XVII–XVIII веков могла бы назвать точную деревню, но без архивного поиска ясно главное: корень фамилии — не в личном имени, а в названии места, где жили первые носители. Это ставит Станакина в один ряд с такими фамилиями, как Вяткин, Устюжанин или Каргопольцев.