Фамилия Степоненко — яркий пример украинской модели фамильного словообразования, которая закрепилась на восточнославянских территориях. Её основа — личное имя Степан (от греческого Στέφανος, «венок», «венец»). Суффикс -енко в украинской ономастике означает «маленький», «потомок» или «сын». Таким образом, Степоненко буквально переводится как «сын Степана». Это типичная патронимическая фамилия, распространённая в Левобережной Украине, на Слобожанщине и в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки.

Интересная деталь, которая выделяет эту фамилию среди десятков однокоренных (Степаненко, Степанов, Степанюк), — это написание через «о» в корне: Степоненко, а не Степаненко. В украинском языке и в южнорусских говорах известно чередование [е] — [о] под ударением после мягких согласных. Имя Степан в народном произношении могло звучать как «Степон» (ср. аналогичные формы «Пётр» — «Петро»). Поэтому фамилия Степоненко — не искажение, а живое диалектное отражение произносительной нормы. В документах XVIII–XIX веков такие варианты часто фиксировались как «народные» рядом с «книжным» Степаненко.

По сословной принадлежности предки Степоненко чаще всего были казаками или государственными крестьянами. В реестрах Запорожского войска и в переписях Полтавской и Черниговской губерний встречаются однофамильцы с таким написанием. В отличие от дворянских фамилий на -ов, -ин, которые часто закреплялись за выслугой, фамилии на -енко оставались демократичными и массовыми.

Никакой другой версии происхождения, кроме как от имени Степан, у фамилии Степоненко нет. Редкий суффикс или тюркский корень здесь не прослеживаются — словообразовательная модель прозрачна и однозначна.