Фамилия Стобеус — редкий случай, когда иноязычная основа не была адаптирована русскими суффиксами, а сохранилась в исходном латинском обличье. Это «учёная» фамилия, типичная для выпускников духовных семинарий и академий XVIII–XIX веков. Её придумали искусственно, и за ней стоит не прозвище и не ремесло, а латинизированная фамилия реального человека — шведского ботаника и врача Кита Стобеуса (Kit Stobæus, 1707–1755).

В семинарской среде было принято переводить или переделывать русские и крестьянские фамилии на латинский или греческий лад, чтобы звучало благородно. Сын дьячка с фамилией Стобов или Стобин мог получить при поступлении новую — Стобеус. Исходная русская фамилия, в свою очередь, скорее всего, образована от прозвища Стоб, Стоба или Стобый. В северных и сибирских говорах «стобый» означало «упрямый, своенравный», реже — «крепкий, коренастый». В псковских и тверских диалектах «стоб» — это «столб, подпорка», так могли называть высокого и прямого человека.

Таким образом, цепочка выглядит так: прозвище Стоб (по характеру или внешности) → фамилия Стобов/Стобин → семинарское переоформление в Стобеус. Носители этой фамилии в Российской империи — почти поголовно выходцы из духовного сословия: священники, диаконы, учителя церковноприходских школ. Встречается фамилия редко и в основном в центральных губерниях, где были семинарии — например, в Тверской, Ярославской, Костромской.

Иногда Стобеус путают с фамилией Стоберус — тоже семинарской, но образованной от греческого «стоберос» (твердый, жесткий). Это разные фамилии, хотя механизм их появления одинаков.