Фамилия Стоборов — редкая и этимологически неочевидная. Если отбросить случайные или поздние варианты, наиболее вероятная основа — неканоническое имя или прозвище Стобор. В русской ономастике фиксируется имя Стобор, которое, по версии исследователя В. А. Никонова, может восходить к древнерусскому «стобор» — «упрямец», «спорщик» (от глагола «стоборить» — спорить, пререкаться). В этом случае фамилия Стоборов буквально означает «сын Стобора», то есть потомок человека с таким прозвищем, данного за неуступчивый, строптивый нрав.

Менее распространённая, но лингвистически допустимая версия связывает основу с географическим названием. В псковских и новгородских говорах «стобор» — это столб, подпорка, а также часть названия местности (ср. деревня Стоборка в Псковской области). Если предки происходили из такой местности, фамилия могла образоваться от прозвища по месту жительства: «Стобор» — человек из Стоборья. Однако эта гипотеза слабее, так как топоним с корнем «стобор» встречается редко и не даёт массовой фамилии.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, сложившуюся в XVI–XVII веках: притяжательное прилагательное от имени или прозвища. Фамилия Стоборов не относится к числу дворянских или купеческих — скорее всего, она крестьянская или посадская. В дореволюционных источниках она встречается эпизодически, преимущественно в северо-западных губерниях (Новгородская, Псковская), что косвенно подтверждает связь с местной диалектной лексикой.

Интересно, что фамилия Стоборов не имеет однокоренных «гнездовых» вариантов вроде Стоборкин или Стоборцев, что говорит о её локальном бытовании и, возможно, единичном очаге возникновения. Носителям фамилии стоит обратить внимание на псковские и новгородские архивы — именно там можно найти ранние упоминания предков.