Фамилия Стогнеев образована от прозвища Стогней, которое восходит к украинскому слову «стогнiй», имеющему буквальное значение «тот, кто постоянно стонет, жалуется, сетует; нытик». Таким образом, эта фамилия содержит указание на особенности характера предка рода Стогнеевых. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Стогней, со временем получил фамилию Стогнеев.