Фамилия Стокопёнов — редкая и прозрачная по происхождению, хотя её звучание может показаться странным. В основе лежит составное прозвище Стокопён. Первая часть — «сто», вторая — «копён» (родительный падеж множественного числа от «копна»). Прямое значение — «сто копён»: так могли назвать зажиточного крестьянина, у которого на поле стояло сто стогов сена или снопов. В крестьянском быту количество копён было прямым показателем достатка: сто копён — это уже не бедняк, а хозяин с крепким хозяйством.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов присоединён к прозвищу, заканчивающемуся на твёрдый согласный. Форма Стокопёнов — типичная русская патронимическая (или вотчинная) фамилия, указывающая на принадлежность роду человека по прозвищу Стокопён. Ударение падает на последний слог — Стокопёнов, что нередко для фамилий, образованных от числительных с существительными.

Версия, что прозвище могло относиться к человеку, который работал с копнами (например, на сенокосе), менее вероятна: «сто» здесь явно количественная, а не профессиональная характеристика. Ономастических параллелей немного, но сходные фамилии (Стогов, Стожков, Копнин) подтверждают, что тема сена и стогов была популярна в русской антропонимии.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в центральных и южных областях России, где было развито сенокосное хозяйство. Сословных ограничений не было: прозвище могли дать и государственному крестьянину, и однодворцу, и даже обедневшему помещику, если его хозяйство насчитывало сто копён. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с XVIII века, но массового распространения не получила — вероятно, из-за громоздкости и необычного звучания.