Фамилия Стокин — один из тех случаев, где интуитивное «прозрачное» значение обманчиво. На первый взгляд кажется, что в основе лежит слово «сток» (водосток, канализация) или глагол «стекать». Такая версия существует, но она маловероятна: прозвища по гидротехническим сооружениям в крестьянской среде почти не встречались, а если и давались, то скорее от названия речки или ручья (Сток). Однако географических названий с корнем «сток» в России немного, и они не стали массовым источником фамилий.

Гораздо убедительнее версия, связывающая фамилию с личным именем или прозвищем. В русских говорах слово «стокий» означало «стойкий», «упорный», «выносливый» — человек, который «стоек» в беде или труде. Диалектное «стокий» — это фонетический вариант от «стойкий» (с переходом «й» в «к», как в словах «сла́дкий» вместо «сладкой»). Отсюда и прозвище Стокой, которое в форме родительного падежа превратилось в Стокина — «сын Стокого». Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Стокин.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с уменьшительной формой старых канонических имён. Например, от имени Анастасий (разговорное Стах, Стоха) или от Евстафий (просторечное Остап, Стахей). В таком случае Стокин могло быть патронимом от прозвищной формы Сток/Стока, образованной усечением имени. Однако эта версия слабее, потому что для имён на -ах, -ош типичнее суффикс -ин (Стахин, Остапин), а форма Стокин для них нетипична.

С точки зрения географии фамилия Стокин редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда». Встречается разрозненно — от центральных областей до Урала, но нигде не образует плотных скоплений. Это говорит о том, что фамилия возникала в разных местах независимо, от одного и того же прозвища Стокой. В дореволюционных переписях носители чаще всего числились государственными крестьянами или мещанами — то есть предки Стокиных были людьми незнатными, но, судя по смыслу прозвища, ценились за характер.

Таким образом, самое правдоподобное объяснение: Стокин — это «сын Стокого», то есть стойкого, выносливого человека. Фамилия сохранила в себе древнюю диалектную черту русского языка, где «стойкий» звучало как «стокий».