Фамилия Столпнер — один из тех редких случаев, когда её происхождение можно определить почти сразу, если знать контекст. Это не крестьянская фамилия от прозвища или ремесла и не дворянская от названия поместья. Перед нами искусственная фамилия, образованная от немецкого слова «Stolp» — так по-немецки называется польский город Слупск в Поморье. Суффикс «-ер» в немецком языке часто указывает на жителя или выходца из этого места: «Stolpner» — «тот, кто из Штольпа». Таким образом, первый носитель фамилии или его предок был родом из города Штольп (современный Слупск, Польша).

Однако в российском контексте у этой фамилии есть ещё один, более точный слой. В Российской империи, особенно в черте оседлости, такие фамилии часто давали евреям-ашкеназам, переселившимся из немецких земель или польских городов с немецким названием. Фамилия Столпнер — типичный пример «топонимической» фамилии, которая закрепилась за человеком, переехавшим в другой город и получившим прозвище по месту прежнего жительства. Это не прозвище по характеру и не отчество, а именно географическая метка.

С точки зрения словообразования, модель проста: основа «Столп» (нем. Stolp) + суффикс принадлежности «-нер» (нем. -ner). В русском языке фамилия сохранила немецкое окончание, не получив типичных русских суффиксов -ов или -ин. Это сразу говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где немецкий или идиш были языками обихода, а русская бюрократия записала её в документах «как есть», без русификации.

Встречается фамилия в основном в записях конца XIX — начала XX века по западным губерниям. В советское время Столпнеры — это уже, как правило, городская интеллигенция, врачи, инженеры. Самый известный носитель — Борис Григорьевич Столпнер (1871–1937), русский философ и переводчик Гегеля, что косвенно подтверждает немецкое происхождение фамилии: он переводил с языка, который, вероятно, знал с детства. Других широко известных фигур с этой фамилией нет, что неудивительно — она всегда была редкой, штучной.