Фамилия Стоматов — один из тех редких случаев, когда исходное слово сохранилось почти без изменений, но его значение на первый взгляд неочевидно. Основа здесь — «стомат», что по-гречески означает «рот» или «уста». Однако напрямую к врачам-стоматологам фамилия отношения не имеет: медицинская терминология пришла в русский язык значительно позже, в XVIII–XIX веках, когда фамилии у крестьян и мещан уже сформировались.

Вероятнее всего, Стоматов — это русифицированная форма греческой или болгарской фамилии. У греков, живших в Российской империи (особенно в Приазовье, Одессе, Мариуполе), было распространено личное имя или прозвище Стоматис (Στομάτης) — «ротик», «уста». В русской среде его переделали в Стомат, добавив типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Стомата». То же самое происходило с болгарскими фамилиями на -ов, которые оседали в южнорусских губерниях.

Есть и вторая, более прозаическая версия: прозвище Стомат могли дать человеку с заметной особенностью рта — большого, кривого или постоянно открытого. В русских говорах слово «стомат» не зафиксировано, но в украинском и белорусском диалектах встречается «стома» в значении «рот» или «пасть». Если предок был говорлив, криклив или, наоборот, молчалив, окружающие могли закрепить за ним такое прозвище.

Суффикс -ов указывает на патронимическую модель: фамилия образована от имени или прозвища отца. Это типично для русских, украинских и болгарских фамилий, и Стоматов здесь не исключение. Географически фамилия встречается в основном на юге России и в восточной Украине, что совпадает с местами компактного проживания греческих общин.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий с греческими корнями (например, Ксенофонтов, Феофанов), у Стоматова нет церковного или календарного происхождения. Это не святой в основе, а бытовое прозвище, что делает фамилию более «земной» и редкой.