Фамилия Стоматова — женская форма, а её мужской вариант — Стоматов. В глаза сразу бросается корень, совпадающий с медицинским термином «стоматология». Но, в отличие от многих «профессиональных» фамилий, эта вряд ли связана с врачами: стоматология как наука и практика сложилась лишь в XIX–XX веках, а фамилии на -ов/-ев в основной массе формировались раньше, в XV–XVII веках.

Куда вероятнее, что в основе лежит прозвище Стомат или Стоматый. В южнорусских и украинских говорах «стомат» или «стомак» — это рот, уста. Слово общеславянское, родственное польскому «stoma» (уста) и древнерусскому «стомахъ» (желудок, но в переносном смысле — рот, горло). Так могли прозвать человека с большим ртом, говорливого, крикливого или, наоборот, того, кто постоянно жевал. Суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: «сын Стомата» или «из семьи Стомата».

Есть и альтернативная, более редкая версия: связь с греческим именем Стомата (от греч. «стома» — рот), которое бытовало среди греческого населения Причерноморья и Крыма. В таком случае Стоматова — это русифицированная форма греческой фамилии, усечённая до основы и дополненная русским суффиксальным оформлением. Но это скорее исключение, чем правило: массового притока греческих фамилий в русскую среду не было.

Географически фамилия Стоматов/Стоматова встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае, Ростовской области, а также на Украине — в тех регионах, где «стомат» бытовало как живое прозвищное слово. В центральных и северных областях она редка, что косвенно подтверждает её южнорусское происхождение.

Таким образом, предки носительницы фамилии Стоматова — скорее всего, крестьяне или казаки, получившие прозвище по внешней черте или особенности речи. Ничего общего с дантистами эта фамилия не имеет, хотя созвучие с современной медициной и создаёт ложное впечатление.