Фамилия Стовбунский — редкий пример, где географическая привязка почти очевидна, а корень уводит в украинский или белорусский говор. Основа — «стовбун» или «стовбун», что в юго-западных диалектах означало «столб» или «толстая жердь». В украинском языке «стовб» — столб, а суффикс «-ун» часто указывал на человека по характерному признаку: Стовбун — тот, кто высок и прям, как столб, или кто ставил столбы (например, межевые или для забора). От этого прозвища и пошла фамилия.

Суффикс «-ский» в Стовбунском — типичный для шляхетских и дворянских фамилий Речи Посполитой, но в XIX веке его активно присваивали и крестьянам при переходе в сословие однодворцев или при записи в ревизские сказки. Однако в случае Стовбунского «-ский» мог появиться и как топонимический: от названия хутора или деревни Стовбун, Стовбуны. Такие поселения встречаются в исторических областях Волыни и Полесья. То есть предок мог получить фамилию по месту жительства: «Стовбунский» — выходец из Стовбунов.

Словообразовательная модель проста: прозвище Стовбун (или топоним Стовбун) + типовой суффикс принадлежности «-ский». В отличие от фамилий на «-ов/-ев», которые чаще образовывались от имени отца, «-ский» сильнее привязан к земле или статусу. В среде православного духовенства такие фамилии иногда давали семинаристам по названию села — но Стовбунский больше похожа на светскую, а не на «семинарскую» (для тех типичны латинизированные окончания или греческие корни).

Известных носителей с такой фамилией в широкой истории нет, что указывает на её локальный характер. Вероятнее всего, Стовбунские — потомки украинских или белорусских крестьян или мелкой шляхты из северо-западных регионов бывшей Российской империи. В современных базах фамилия встречается единично, в основном на западе Украины и в Беларуси, что подтверждает диалектное происхождение корня.