Фамилия Страфеева — женская форма мужской фамилии Страфеев, и в ней сразу заметна редкость: суффикс -еев, а не привычный -ов или -ев. В русских фамилиях -еев встречается значительно реже, чем -ев, и часто указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на -ей. В данном случае основа — Страфей.

Само прозвище или неканоническое имя Страфей — загадка. Самый прямой путь — от греческого имени Стратоник (в русской традиции Стратоник, Стратоний), где «стратос» означает «войско». Но в народном произношении сложные греческие имена нередко упрощались: Стратоник мог превратиться в Страфея через перестановку звуков или усечение. Версия не бесспорная, но лингвистически правдоподобная: суффикс -ей часто оформлял разговорные варианты церковных имён (например, Аггей от Аггел, Матвей от Матфей).

Есть и другой вариант, более бытовой. В русских говорах слово «страфка» или «страфить» могло означать нечто, связанное с наказанием или строгостью (от «страф» — штраф, взыскание). В таком случае Страфей — прозвище человека, который либо налагал штрафы (например, сборщик податей или староста), либо сам был строг и требователен. Но эта версия менее вероятна: прозвища на -ей от глагольных основ в русской антропонимии встречаются редко, чаще от имён.

Географически фамилия Страфеев (и Страфеева) не привязана к какому-то одному региону — это редкая фамилия, встречающаяся точечно. В дореволюционных источниках она не фигурирует среди дворянских или купеческих родов, что говорит о крестьянском или мещанском происхождении. Скорее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или посадским человеком, которого в документах записали по прозвищу Страфей — либо как сокращение от имени, либо по особенности характера.