Фамилия Стукена звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. В русской ономастике нет продуктивной модели, по которой от глагола «стукнуть» или существительного «стук» образовали бы фамилию с окончанием -ена. Такое окончание характерно для фамилий латышского или, реже, литовского происхождения (ср. латышские фамилии на -ēns, -ens). Скорее всего, Стукена — это русифицированная форма балтийской фамилии, где конечное -а появилось под влиянием русского языка при оформлении женского рода или просто при адаптации.

Наиболее вероятная основа — латышское слово «stukēt» (стучать, постукивать) или «stuka» (стук, удар). В таком случае фамилия Стукена могла быть прозвищем человека, который чем-то выделялся: стучал громко или часто, работал молотобойцем, плотником, кузнецом — то есть ремесленником, чья работа была связана с характерным звуком. В Латвии фамилии на -ēns часто указывали на принадлежность к сыновьям (как уменьшительно-патронимический суффикс), но Стукена скорее образована напрямую от прозвища, а не от имени отца.

Вторая, менее вероятная версия — немецкое происхождение. В немецком есть фамилия Stucken (от «Stuck» — кусок, часть), но она пишется иначе и не имеет типичного для русского уха окончания -ена. Если бы фамилия была немецкой, в России её чаще переделали бы в Стукен или Стуккен.

Географически фамилия Стукена встречается в основном на северо-западе России — в Ленинградской, Псковской областях, а также в Латвии. Это подтверждает балтийский след. Носители фамилии, вероятно, происходят из крестьян или ремесленников, переселившихся в Российскую империю в XIX — начале XX века, когда латышские и литовские семьи получали паспорта и фамилии фиксировались в документах.

Словообразовательно фамилия проста: корень «стук-» (от звукоподражания, общего для многих языков) и суффикс -ен- (балтийский, уменьшительный или прозвищный). Окончание -а — результат русской адаптации. В исходной латышской форме фамилия могла звучать как Stukēns, Stukens или Stukena. Встречаются и варианты написания с одной «к» и с «е» на конце — Стукен, что только подтверждает неустойчивость при переносе.