Фамилия Стукнин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не требует расшифровки. Корень здесь прозрачный: «стук». Однако за этой простотой скрывается не одна, а как минимум две возможные истории предка.

Самая прямая версия — прозвище Стук. Так могли назвать плотника, столяра или бондаря, чья работа сопровождалась характерным звуком. В говорах слово «стук» означало не только удар, но и инструмент — например, деревянный молоток (киянку) или колотушку. Ремесленник, постоянно слышимый по двору, легко получал такую «профессиональную» кличку. Сын Стука становился Стукниным, а затем, в бытовой речи, форма через «н» — Стукнин — закрепилась как фамилия.

Есть и другая, менее очевидная возможность. В некоторых северных и сибирских говорах «стукнуть» могло означать «ударить по рукам», то есть заключить сделку. Тогда Стуком прозвали не шумного работника, а, наоборот, расторопного торговца или скупщика, который быстро договаривался о купле-продаже. Правдоподобность этой версии ниже, но полностью исключать её нельзя — прозвища часто строились на поступке, а не на звуке.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Обычный патроним от прозвища на -а/-я даёт форму Стукнин, но здесь основа на согласный (Стук), и типичный суффикс был бы -ов (Стуков). Формант -ин в фамилии Стукнин возник, скорее всего, по аналогии с другими фамилиями на -ин, либо как вариант диалектного произношения: в некоторых регионах фамилии на -ин и -ов путали. Сама фамилия редкая, в списках массовых не числится, что указывает на её позднее закрепление или локальное бытование в одной местности.

Географически Стукнины встречаются в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о ремесленном прозвище: плотницкое дело было там широко распространено. В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена, происхождение, скорее всего, крестьянское или мещанское.