Фамилия Стуковнина — женская форма от Стуковнин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Стуковня. Это редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя и не профессия, а предмет или инструмент. Стуковней на Руси называли деревянный молоток, киянку — инструмент, которым стучат, «стукают». Прозвище Стуковня мог получить плотник, бондарь или камнетёс, чья работа была неразлучна с этим орудием.

Модель образования фамилии — стандартная для русской ономастики: к основе Стуковн- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Стуковнин). Изначально это было отчество: сын Стуковни. Женская форма Стуковнина закрепилась за женой или дочерью Стуковнина, а позже стала самостоятельной фамилией.

В отличие от более частотных фамилий вроде Стуков или Стукалов, Стуковнина встречается редко и имеет чёткую географическую привязку. По данным переписей и метрических книг XIX века, основное гнездо фамилии — южные уезды Тамбовской губернии (Кирсановский, Борисоглебский) и прилегающие районы Саратовской губернии. Это подтверждает связь с крестьянским ремесленным миром: в чернозёмной полосе было много плотников и бондарей, работавших с деревом.

Встречается вариант написания Стуковин (с одной «н»), но это скорее результат описки или упрощения, так как исходное Стуковня даёт именно двойное «н» по правилам словообразования. Смысл фамилии прозрачен и не требует сложных этимологических реконструкций — она прямо указывает на занятие предка, который, вероятно, был мастеровым человеком, чей главный инструмент дал ему прозвище.