Фамилия Стуковнин — редкий случай, когда прозвище застыло в форме, указывающей на происхождение от матери, а не от отца. Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно означал «чей?», «сын кого?»: Иванов сын — Иванов, Петров сын — Петров, но Кузьмин сын — Кузьмин. Стуковнин — того же ряда, только основа здесь не имя, а прозвище или уличное имя матери — Стуковна. Так могли назвать женщину, чей муж или отец носил прозвище Стук или фамилию Стуков. В русских говорах «стук» — не только звук, но и прозвание бойкого, шумного человека, а иногда и плотника, работа которого слышна издалека. Таким образом, Стуковнин буквально значит «сын (или потомок) Стуковны».

Сама модель Стуковнин — довольно архаичная. Массовые русские фамилии на -ов/-ев и -ин закрепились в XVI–XVII веках, но форма с двойным суффиксом (Стуков + н + ин) встречается реже. Она указывает, что фамилия сложилась в среде, где было принято называть человека по матери, возможно, в крестьянской или посадской среде Северной Руси, где такие «матронимы» держались дольше, чем в центральных уездах. В документах XIX века немногочисленные Стуковнины встречаются преимущественно в Вологодской и Архангельской губерниях — на территориях, где фамилии на -их/-ых и сложные формы на -нин не были редкостью.

Если копнуть глубже, нельзя исключать и версию, что Стуковнин — это искажённая форма отчества от церковного имени. В святцах есть имя Стуколий (греческое, редкое), но в народном произношении оно могло сократиться до Стук. Однако эта гипотеза слабее: имя Стуколий почти не встречалось в быту, а прозвище Стук — одно из самых прозрачных и частых. Скорее всего, предок Стуковниных был человеком с громким голосом или работал с деревом, а его жену в деревне прозвали Стуковной — и это прозвище перешло на детей как фамилия.

Стоит заметить, что фамилия не имеет отношения к слову «стуковый» (от «стук» в значении «вид ткани» или «стук» как сорт сукна) — эта лексика была узкопрофессиональной и не дала массовых фамилий. Так что Стуковнин — это чисто прозвищная фамилия, образованная по редкой, но живой модели, и её носители — потомки той самой Стуковны, чьё имя сохранилось на века.