Фамилия Стушкина — женская форма фамилии Стушкин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно он хранит ключ к происхождению. Основа фамилии — «Стушк-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Стушкин буквально значит «сын Стушки» или «человек из семьи Стушки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я.

Что же такое «Стушка»? Самое прямое объяснение — это уменьшительно-ласкательная форма от прозвища или неканонического имени Стук. В старину на Руси было распространено имя Стук (документально зафиксировано, например, в новгородских берестяных грамотах). Стуком могли назвать шумного, громогласного ребёнка или, наоборот, человека, который работал с молотком, стучал — плотника, кузнеца, бондаря. Тогда Стушка — это ласковое, домашнее обращение к такому человеку, а Стушкин — его потомок.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «стушкой» называли небольшую ступу — приспособление для толчения зерна или мака. Если предок владел такой ступой или изготавливал их, прозвище могло перейти на него по ремеслу. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от названий инструментов в русской ономастике редки, а имя Стук встречается чаще.

С географической точки зрения фамилия Стушкин (и Стушкина) не привязана к какому-то одному региону. Она встречается в центральных областях России, но не образует плотных гнёзд — это указывает на то, что прозвище возникало в разных местах независимо. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от звукоподражательных или «шумных» основ описаны как типичные для крестьянской среды: фамилия не дворянская, не духовная, а самая что ни на есть народная, возникшая в XV–XVII веках.

Таким образом, Стушкина — фамилия, за которой стоит конкретный человек по прозвищу Стук или Стушка, скорее всего, обладавший громким голосом или занятый столярным делом. Суффикс «-ин» честно говорит о родстве: это фамилия потомков того самого Стушки.