Фамилия Стушков — редкий случай в русской ономастике, где прозвище, скорее всего, образовано от глагола с приставкой, а не от имени или профессии. Основа здесь — «стуш-», которая восходит к глаголу «стушеваться» — исчезнуть, оробеть, стать незаметным. В современном языке у слова негативный оттенок, но в XV–XVII веках прозвища часто давали по поведению или привычке: Стушок могли назвать тихого, незаметного человека, который старался не привлекать к себе внимания. Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: Стушков — буквально «сын Стушка» или «из семьи Стушка».

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «стуш» — так в некоторых говорах называли толчок, удар, или с коротким именем Стуш, которое могло быть производным от канонического Евстафий (в просторечии Стах, Сташка). Но эта гипотеза слабая: для фамилий на -ов от полных форм имени чаще встречаются варианты вроде Евстафьев, а Стушков по звучанию ближе к прозвищным моделям.

Примечательно, что фамилия не попала в массовые списки дворянских родов и не встречается в переписях XVII века среди боярских фамилий — это типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая в северных и центральных уездах России. Судя по географии, чаще всего Стушковы фиксируются в Вологодской, Костромской и Ярославской губерниях — там, где в говорах глагол «стушеваться» имел хождение в значении «спрятаться, притаиться».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Стушников, Стушин — подтверждает, что основа именно прозвищная, а не отыменная. Если Стушников могло означать «сын того, кто делает стушки (толчки)», то Стушков — более прямое указание на характер: «потомок того, кто всегда стушевывался». В любом случае, носитель фамилии может с уверенностью сказать, что его предок был человеком нешумным и скромным, а может — просто мастером исчезать в нужный момент.