Фамилия Стюфеева — женская форма фамилии Стюфеев, и её происхождение стоит искать не в очевидных именах или профессиях, а в редком прозвище. Основа фамилии — «Стюфей» или «Стюфя», что с большой вероятностью является диалектной или искажённой формой имени Степан (в просторечии — Степа, Стёпа, Стефан). В русских говорах, особенно в северных и поволжских, имя Степан могло звучать как «Стюпа» или «Стюха», а суффикс «-ей» давал уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму — «Стюфей». Подобные трансформации (Павел → Пафей, Ефим → Фея) встречаются в народной ономастике, но для фамилии Стюфеев это единственное правдоподобное объяснение, хотя в словарях она не фиксируется.

Модель образования проста: к основе «Стюфей» добавили типичный русский патронимический суффикс «-ев» (форма притяжательного прилагательного: «чей?» — Стюфеев, то есть сын Стюфея). Суффикс «-ев», а не «-ов», указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й». Фамилия редкая и нераспространённая: по открытым данным, носители Стюфеевых встречаются в основном в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает связь с местными говорами, где имя Степан «перекраивали» на свой лад.

Вторая, менее вероятная версия — от прозвища «Стюфа» (или «Стюфя»), которое могло возникнуть от глагола «стюфкать» (в рязанских и тамбовских говорах — «стукать, бить»). В этом случае прозвище дали драчуну или человеку с тяжёлой рукой. Но эта гипотеза слабее, так как глагол редок и не даёт устойчивой антропонимической модели. Скорее всего, предок носителя фамилии был просто Степаном, которого в быту звали Стюфеем, а его дети пошли по отцу — Стюфеевы.

Географическая привязка фамилии невысокая: Стюфеевы не были ни дворянами, ни купцами, в родословных книгах не упоминаются. Это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где имя Степан было одним из самых частых, а местные диалекты «перерабатывали» его в неожиданные формы.