Фамилия Субаргушев — редкая и трудно поддающаяся однозначной этимологии. Её основа, скорее всего, имеет тюркское происхождение, но точное значение зависит от того, какой язык считать исходным. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с двумя корнями: «су» (вода) и «баргуш» или «баргыш» (в разных тюркских наречиях — «подарок», «милость» или «известие»). В таком случае Субаргушев могло означать «водный дар» или «подарок воды» — возможно, прозвище человека, жившего у ценного источника, или того, кто занимался водоснабжением. Менее убедительна гипотеза, где второй корень восходит к «барс» (хищник) — тогда значение смещается в сторону «водяной барс», что звучит как тотемное прозвище, но не подтверждается типичными тюркскими антропонимическими моделями.

Суффикс «-ев» указывает на русскую адаптацию фамилии по патронимической модели: «чей?» — Субаргушев. Это типично для фамилий, которые оформились в XVI–XVII веках у крещёных татар, башкир, чувашей или других народов Поволжья и Урала. Основа «Субаргуш» могла быть личным именем или прозвищем, которое после принятия православия закрепилось как фамилия. Географически фамилия встречается в Западной Сибири и на Южном Урале, что косвенно подтверждает её связь с тюркскими этносами, переселившимися в эти края в ходе освоения земель.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна: в ней нет характерных русских суффиксов, кроме фамильного «-ев», а корневая часть звучит архаично даже для тюркских языков. Это делает её ценной для ономастики — она могла сохранить диалектное слово, не дошедшее до наших дней. Других версий, например, из финно-угорских языков, не обнаружено, а попытки связать её с русским «субор» (сбор, налог) или «аргус» (мифический страж) натянуты и не выдерживают критики: фонетически они далеки, а исторических свидетельств о таком заимствовании нет.

Сведений о сословной принадлежности Субаргушевых нет, но по модели образования фамилия относилась к крестьянской или казачьей среде, где прозвища редко фиксировались в дворянских родословных. Единственное, что можно утверждать с уверенностью: носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Субаргуш, жившего, вероятно, в зоне тюрко-славянского пограничья.