Фамилия Субайкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с тюркским словом «субай» (или «субай» — в зависимости от диалекта). В большинстве тюркских языков это сложное слово: «су» — вода, «бай» — богатый, господин. «Субай» — буквально «водяной богач», то есть человек, владеющий водными ресурсами: колодцем, родником, участком вдоль реки, или же просто хозяин плодородной земли у воды. Однако в переносном смысле так могли прозвать рыбака, перевозчика или того, кто жил у большой реки и брал за это плату.

Модель образования фамилии прозрачна: основа «Субай» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия образована от основы на -а, -я или согласный (в данном случае — от «Субай»). Первоначально это было отчество: «чей сын?» — Субайкин, то есть сын Субая. Такая модель характерна для русских фамилий, возникших в XVI–XVII веках на территориях активных русско-тюркских контактов — в Поволжье, Приуралье, на юге России.

Версия о том, что в основе лежит простое русское слово «суб» (в значении «суббота» или что-то подобное), маловероятна. Суффикс -ай- в русских прозвищах встречается (ср. Кутай, Ломай), но сочетание «суб-» не даёт осмысленного прозвища, а тюркское «субай» — даёт, и очень конкретное. Кроме того, фамилия географически тяготеет к регионам, где издавна жили татары, башкиры, чуваши — носители тюркских говоров.

Интересная деталь: в некоторых областях (например, в бывшей Казанской губернии) слово «субай» могло означать не просто «богатый водой», а «водяной дух» или «хозяин воды» — из народных поверий. Но это скорее народная этимология: фамилия, скорее всего, родилась из бытового прозвища, а не из мифологии. Прямых указаний на дворянское или крестьянское происхождение у Субайкиных нет — фамилия встречается в среде бывших государственных крестьян и мещан, что типично для поздних фамилий тюркского корня, обрусевших в XIX веке.

Ударение в фамилии плавающее: большинство носителей произносят Суба́йкин (с ударением на второй слог), но в некоторых говорах можно услышать Субайки́н. Второй вариант — более старый, когда ударение падало на суффикс, как в фамилиях Пушкин, Репнин.