Фамилия Сабайкин — одна из тех русских фамилий, в основе которой лежит не церковное имя, а прозвище. Образована она по простой и распространенной модели: прозвище плюс притяжательный суффикс -ин, который в русском языке отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность конкретному человеку. То есть Сабайкин — это буквально «сын Сабайки» или «человек из рода Сабайки».

Само прозвище Сабайка — это, скорее всего, уменьшительная форма от тюркского имени или прозвища Сабай. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «саба» имеет несколько значений: это и кожаный мешок для кумыса, и бурдюк для воды, и даже мера жидкости. Прозвище Сабай могли дать полному, грузному человеку (по ассоциации с надутым бурдюком) либо тому, кто изготавливал такие мешки или торговал ими. Уменьшительный суффикс -ка в русском языке часто смягчал прозвище, делая его бытовым, домашним.

Версия о происхождении от тюркского корня подкрепляется географией: фамилия Сабайкин встречается в Поволжье, в частности в Самарской и Ульяновской областях, а также в Татарстане — регионах, где веками жили бок о бок русские и тюркские народы. В этих местах подобные заимствования в фамилиях — обычное дело. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным русским глаголом «сабать» (ударять, бить) или со словом «сабай» в значении «непоседа» — такие диалектизмы встречаются в северных говорах, но для фамилии Сабайкин эта версия слабее, так как основная масса носителей сосредоточена именно в зоне русско-тюркского пограничья.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где преобладала модель именования по отцу или главе семьи с помощью притяжательных прилагательных. В сословном отношении Сабайкины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: в дворянские родословные книги фамилия с таким простонародным звучанием и тюркской основой попадала редко. Таким образом, предок Сабайкин был мастером по коже, торговцем или просто человеком, получившим емкое прозвище от соседей.