Фамилия Санайкин образована от личного имени Санайка — так в старину в народной, обиходной среде называли человека, носившего полное имя Александр. Само имя Александр пришло из греческого языка и означает «защитник людей». Выходит, что далекий предок носителей фамилии Санайкин был Александром, а его домашнее, сокращенное имя со временем закрепилось за всем родом.

Форма Санайка возникла не случайно. В русской традиции многие имена переделывали на свой лад, и Александр дал целый веер производных: Шура, Саня, Саша, а в некоторых говорах — Санай, Санайка. Суффикс -ай- в таких именах придавал оттенок просторечности, фамильярной ласки. Позже от этого уменьшительного имени и образовалась фамилия с типичным русским суффиксом принадлежности -ин: Санайкин означает «чей-то сын», а точнее — «сын Санайки».

Покровителем имени Александр считается Александр Египетский, епископ Александрийский, живший в начале IV века. Он вошел в историю церкви как первый, кто открыто выступил в защиту православия против ереси ариан, и умер в 326 году. Вряд ли предки Санайкиных напрямую соотносили себя с этим святым, но само имя, под которым крестили их родоначальника, несло этот смысловой оттенок — защита, заступничество.

Сам по себе суффикс -ин в фамилии указывает на то, что она сформировалась в среде, где было принято называть человека по отцу или главе семьи. Санайкин — это буквально «принадлежащий Санайке». Такая модель типична для северных и центральных русских земель, где фамилии на -ин и -ов складывались уже в XV–XVII веках. Сейчас фамилия встречается нечасто, что говорит о ее локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одном конкретном крае, и оттуда фамилия распространилась по родственным линиям.

Не исключено, впрочем, и другое прочтение основы. В некоторых говорах слово «санай» могло быть прозвищем, данным за особенности характера или внешности, но эта версия менее убедительна: имя Санайка как производное от Александр фиксируется в исторических документах, тогда как прозвищная основа встречается реже и не имеет устойчивого значения. Поэтому версия с именем остается основной.