Фамилия Субракова — женская форма от Субраков, и её разумнее всего рассматривать в связке с исходной мужской. Основа фамилии — имя или прозвище Субр(а)к. Первое, что приходит на ум тюркологу или историку, — связь с тюркским «субрак», что в ряде диалектов значит «пёстрый, рябой» или «неряшливый, неопрятный человек». В татарском и башкирском языках слово «субрак» фиксируется именно с таким значением. Прозвище могли дать человеку с неряшливой внешностью или, наоборот, с пёстрой, разноцветной одеждой — в старину такие приметные черты часто становились основой для фамилий.

Менее вероятная, но не исключённая версия — происхождение от крестильного имени. В православных святцах нет имени Субр, но в среде крещёных татар и других народов Поволжья нередко бытовали имена, восходящие к тюркским корням. Субр могло быть уменьшительной формой от какого-либо более длинного имени вроде Субрахман (арабское «милостивый»), где выпала часть звуков. Однако для этого нет прямых документальных подтверждений, и версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от отчества или прозвища: «чей?» — Субраков, то есть сын Субрака. Форма Субракова, соответственно, означает «жена или дочь Субракова». Фамилия редкая и географически привязана к регионам с тюркским населением — Татарстану, Башкортостану, Оренбуржью. Встречается она и у русских, но почти всегда в местах давнего смешанного проживания с тюркскими народами.

В исторических документах фамилия не засветилась в дворянских родословных книгах. Скорее всего, предки носителей были крестьянами или мещанами, и фамилия закрепилась относительно поздно — в XVIII–XIX веках, когда массово давали фамилии по прозвищам. Никаких знаменитых Субраковых в истории не зафиксировано, что только подтверждает её народное, «небарское» происхождение.

Однокоренных фамилий немного: Субраков, Субрак, Субракин. Все они восходят к тому же корню. Если встретится вариант Субраковский — это уже более поздняя, искусственная форма, характерная для польской или украинской традиции, но для Субраковых она нетипична.