Фамилия Субакова — это женская форма, но разговор о её происхождении естественно начинать с мужского варианта Субаков. Словообразовательная модель здесь классическая: основа Суба(к) + фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Субака). В центре внимания — прозвище или некалендарное имя Субак, и вот тут начинается самое интересное.

Корень «суб-» в русских говорах имеет несколько значений, и чтобы понять, какое из них сработало, нужно заглянуть в географию. Наиболее вероятная версия связывает прозвище с диалектным словом «субак» — так в некоторых областях (особенно на Русском Севере и в Сибири) называли суслика или хомяка, то есть небольшого грызуна. Прозвище могло достаться человеку суетливому, хозяйственному или, наоборот, тому, кто отличался внешним сходством — например, имел привычку надувать щёки или был невысокого роста. Ономасты, в частности Б. Унбегаун в своём труде о русских фамилиях, отмечают, что прозвища от названий животных — один из самых древних и распространённых пластов русской антропонимии.

Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «субак» означало нечто подбитое, подшитое, либо относилось к грубой, топорной работе (ср. «субачить» — делать кое-как). В этом случае прозвище могло закрепиться за неумелым мастеровым или за человеком, который занимался починкой обуви или одежды «на живую нитку». Однако эта версия слабее, так как не имеет широкого распространения в источниках.

Нельзя исключать и тюркское влияние. Фамилия Субакова встречается у народов Поволжья и Урала, где корень «субай» или «субак» может восходить к татарскому или башкирскому «су» (вода) с каким-либо аффиксом. В таком случае прозвище могло означать «водяной», «живущий у воды» или относиться к роду занятий, связанных с рекой. Это объясняет, почему фамилия нередка в среде татар и башкир, хотя и звучит по-русски благодаря суффиксу.

Итак, носитель фамилии Субаков (а значит, и Субакова) в большинстве случаев происходит из крестьянской или мещанской среды, а его предок получил прозвище либо по повадкам или внешности (от грызуна), либо по роду деятельности (от диалектного глагола). Третья, тюркская, ветвь ведёт к предкам, жившим у воды. Выбрать единственную версию можно только зная конкретную семейную историю и регион, но «звериная» версия остаётся самой частотной в русской ономастике.