Фамилия Сугундукова образована от мужского имени или прозвища Сугундук. В её основе лежит тюркский корень, что указывает на происхождение из среды народов, говоривших на тюркских языках — татар, башкир, казахов или ногайцев. Само слово «сугунду» в тюркских языках означает «обрадовался», «возрадовался». Соответственно, Сугундук — это имя-пожелание, которое давали ребёнку в надежде, что он будет приносить радость. Такие имена с семантикой счастья, радости, удачи были широко распространены в тюркской антропонимии.

Фамилия оформлена по русской модели с суффиксом -ов- и окончанием -а, что типично для фамилий, русифицированных в XVIII–XIX веках. Суффикс -ин в данном случае не появился, так как основа Сугундук оканчивается на твёрдый согласный к, а не на мягкий или гласный. Появление окончания -а характерно для женской формы фамилии; мужская форма — Сугундуков. В русской традиции фамилия закрепилась в том виде, в каком её записали в метрические книги или ревизские сказки при переходе носителей из исламской или языческой среды в православие.

Географически фамилия Сугундукова встречается в регионах с компактным проживанием тюркского населения: в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане. Встречается она и на Северном Кавказе, среди ногайцев, где имя Сугундук (Сугумдук) известно как часть родового именования. В некоторых записях XIX века фигурирует форма Сугундуков без конечного -а, что подтверждает её первоначальную патронимическую природу — «сын Сугундука».

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия не содержит редких суффиксов, но её основа примечательна тем, что в русском языке не имеет однокоренных соответствий. Это делает её легко идентифицируемой как заимствованную из тюркского антропонимикона. В отличие от фамилий на -ский или -их, Сугундукова не указывает на место жительства или принадлежность к общине — она прямо называет предка по имени, что характерно для ранних этапов формирования фамилий у нерусских народов.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в тюркской среде встречаются варианты Сугундуков, Сугундуков, а также Сугунбаев (где бай — «богач»). Но Сугундукова стоит особняком: её основа чисто глагольная, без дополнительных титульных или профессиональных компонентов. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, не был ни князем, ни ремесленником — он был просто человеком, которого назвали «радостным», и это имя перешло в фамилию.