Фамилия Суникаева — редкая и географически привязанная. Её основа — мужское имя или прозвище Суникай, которое, скорее всего, имеет тюркские корни. В тюркских языках, особенно в кавказском ареале (кумыкском, ногайском, карачаево-балкарском), распространены имена и прозвища с элементом «су» (вода, река) или «сюн» (кость, род). Однако более вероятно, что в основе лежит личное имя Суника (или Сунака), образованное от тюркского «сун» — «доблесть», «честь» или «слава». Суффикс -ай в тюркских именах часто придаёт ласкательное или уменьшительное значение (как, например, в именах Акбай, Карабай). Таким образом, Суникай могло означать «славный», «доблестный» или быть прозвищем уважаемого человека.

Фамилия образована по русской модели с помощью суффикса -ев, который в данном случае присоединился к основе на согласный (Суникай → Суникаев). Окончание -а — женская форма, то есть Суникаева — это жена или дочь Суникая. Такая фамилия типична для регионов, где русская администрация фиксировала фамилии местного нерусского населения в XIX веке, чаще всего в Дагестане, Чечне или Ставрополье. Встречается она и в среде кумыков, и у терских казаков, где смешались тюркские и славянские традиции именования.

Мужской вариант фамилии — Суникаев. В отличие от фамилий на -ин, которые часто указывают на принадлежность к конкретному роду (чей сын), суффикс -ев в этой фамилии выполняет чисто грамматическую функцию, адаптируя иноязычную основу под русскую фамильную систему. Носители фамилии, вероятно, потомки людей, получивших фамилию по имени отца или деда в момент массового закрепления фамилий на Кавказе во второй половине XIX века.

С точки зрения сословной принадлежности, Суникаевы, скорее всего, были свободными крестьянами или узденями (в горских обществах), а не дворянами, так как фамилия не содержит княжеских или бекских формантов. Искать её в дореволюционных родословных книгах бесполезно — она бытовала в устной среде и была записана при переписях или паспортизации. Сегодня это редкая фамилия, сохранившаяся в основном в республиках Северного Кавказа и в диаспоре.