Фамилия Суперека — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычное окончание. В русской ономастике фамилии на -ека встречаются редко, и это сразу подсказывает, что перед нами не стандартная русская модель вроде Иванов или Кузнецов. Скорее всего, основа фамилии — прозвище Суперека, а суффикс -а (в именительном падеже) указывает на то, что фамилия закрепилась в форме, близкой к исходному прозвищу, без добавления типичных патронимических суффиксов -ов/-ев или -ин.

Корень «супер-» в русских говорах не имеет отношения к современному значению «лучший» (от латинского super). В диалектах, особенно на западе и юге России, слово «суперека» или «суперечный» означало спорщика, вздорного человека, того, кто постоянно перечит и суетится. В словаре Даля есть глагол «суперить» — спорить, перечить, прекословить. Таким образом, прозвище Суперека мог получить человек с неуживчивым характером, задира или просто тот, кто любил поспорить по любому поводу.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Это подтверждается и тем, что окончание -ека типично для украинской и белорусской антропонимии (сравните фамилии Корека, Стецека). В польском языке также есть слово «superek» в значении «спорщик», что делает возможной и польскую версию происхождения — через шляхетские или мещанские фамилии Речи Посполитой. Поэтому предки носителей фамилии Суперека могли быть либо крестьянами из западных губерний Российской империи, либо мещанами из украинских или белорусских местечек.

Есть и более редкая гипотеза, связывающая фамилию с личным именем. В некоторых говорах «Суперека» могло быть производным от крестильного имени Супер (редкая форма от греческого Софроний или латинского Супер), но это менее вероятно — прозвищная версия подкрепляется и диалектной лексикой, и характером словообразования. В любом случае, фамилия Суперека — яркий пример того, как прозвище, данное за черту характера, стало родовым именем и сохранилось в почти неизменной форме на протяжении нескольких веков.