Фамилия Супоненков (в женском варианте — Супоненкова) произошла от прозвища Супоня. Основа здесь — либо существительное «супоня», которым называли ремень для стягивания хомутных клешней под шеей лошади, либо глагол «супониться», то есть «хмуриться, насупиться». Поэтому прозвище Супоня мог получить как конюх, чья работа была напрямую связана с упряжью, так и человек угрюмого, необщительного нрава. Выходит, фамилия хранит память либо о роде занятий предка, либо о его характере — и обе версии имеют равное право на существование.

Сам по себе суффикс -енк(о) в основе указывает на украинское или белорусское происхождение: там так образовывали фамилии от личных имён и прозвищ, часто означая «сын такого-то» или «потомок такого-то». Супоненко — типичная для этих земель форма. А вот конечное -ов в русском варианте Супоненков появляется уже позже, при русификации. Когда род перебрался в великорусские губернии, фамилию адаптировали под местную словообразовательную модель, добавив привычный для России суффикс -ов. Так украинское Супоненко превратилось в русское Супоненков.

Интересно, что эта фамилия — редкий пример того, как в одном слове соединились две разные ономастические традиции: южнорусская основа с уменьшительным суффиксом и северная патронимическая приставка. Подобная трансформация встречается нечасто, и именно она делает фамилию Супоненков заметной среди прочих. Само прозвище Супоня, лёгшее в основу, относится к разряду «профессиональных» или «характерологических» — таких, которые давали не по имени, а по отличительной черте человека. Со временем прозвище закрепилось как основное именование, а затем перешло в фамилию, которую унаследовали потомки.