Фамилия Супоненский — редкий случай, когда географическая привязка и словообразовательная модель почти не оставляют сомнений в происхождении, хотя корень и вызывает споры. Суффикс «-ский» указывает на польско-украинскую или белорусскую традицию образования фамилий от названий мест (топонимов). Скорее всего, перед нами потомок выходца из поселения с названием Супонь, Супонино или Супонево. Такие топонимы встречаются в Брянской, Смоленской и Черниговской областях — на бывших землях Речи Посполитой и Северщины. Таким образом, фамилия буквально значит «тот, кто родом из Супони» или «супонский барин».

Сложнее с корнем «супонь». Самое прямое объяснение — от слова «супонь» (ремень, стягивающий хомут в упряжи лошади). Прозвище Супоня могли дать человеку с какой-то характерной чертой: либо он был упрямым, как затянутая супонь, либо, наоборот, мастером по конской сбруе. Однако версия с прозвищем менее вероятна, потому что фамилии на «-ский» редко образовывались напрямую от прозвищ в крестьянской среде — они чаще давались по месту жительства или по владению землёй. Гораздо правдоподобнее, что в основе лежит река или овраг с названием Супонь — такие гидронимы могли возникнуть от балтийского корня (сравните с литовским «supa» — «болото, топь») или от славянского «суп» (в значении «соединять, сопрягать»). Возможно, речка Супонь была извилистой или соединяла два водоёма.

Есть и третья, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как искусственная, семинарская. В XVIII–XIX веках ученикам духовных училищ нередко давали фамилии по названиям церквей или сёл, причём с облагораживающим суффиксом «-ский». Если священник служил в храме в селе Супонево, его сын мог получить фамилию Супоненский. Окончание «-енский» (а не «-овский» или «-инский») как раз характерно для таких «географических» фамилий, образованных от названий на «-ово» или «-ево» (сравните: Рождественский от Рождествено, Троицкий от Троицкое). То есть Супоненский — это «супоневский», но с мягким, книжным звучанием.

В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается в основном в Черниговской губернии и на юге Брянщины, что подтверждает её западнорусские корни. Носители Супоненских, скорее всего, были либо крестьянами из одноимённого села, либо потомками духовенства, которое получило фамилию при поступлении в семинарию. Сословная принадлежность здесь неоднородна: среди Супоненских встречались и мещане, и однодворцы, и священники. Редкость фамилии делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — если вы найдёте село Супонь или Супонево в Брянской области, считайте, что нить практически в руках.