Фамилия Супонинский происходит от прозвища Супоня, а её корень связан с конским снаряжением или характером человека. В основе лежит существительное «супоня» — так называли ремень, которым стягивают хомутные клешни под шеей лошади. Ремень этот был важной деталью упряжи: без него хомут не держался бы, и любая поездка или пахота становилась невозможной. Поэтому первая версия происхождения прозвища указывает на род занятий: Супоней могли назвать конюха, возницу или мастера, который делал и подгонял сбрую.

Вторая версия отталкивается от глагола «супониться» — то есть хмуриться, насупиться. В этом случае прозвище Супоня закреплялось за человеком угрюмым, неразговорчивым, с постоянным недовольным выражением лица. Обе трактовки равноправны, и без дополнительных сведений о конкретном предке сказать, какая из них верна, сложно. Но именно эта двойственность делает фамилию интересной: она могла рассказать о хозяине либо как о человеке дела, либо как о человеке нрава.

Модель образования фамилии — через суффикс -ск-, который в русской ономастике чаще указывал на принадлежность к месту или к роду, но здесь он присоединён к личному прозвищу. Такая форма («Супонинский» вместо более привычного «Супонин» или «Супонев») встречается реже и звучит несколько книжно, что может говорить о более позднем оформлении фамилии, возможно, уже в среде духовенства или приказных людей, где любили облагораживать простонародные прозвища. Само прозвище Супоня, изначально присоединённое к наследственному имени, со временем полностью заменило его и в быту, и в официальных бумагах, что для XVI–XVII веков было обычным делом.

Отдельного внимания заслуживает параллель с однокоренными фамилиями. Супонов, Супонев, Супонькин — все они восходят к тому же корню, но именно вариант на -ский выделяется на их фоне. Если Супоновы, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, то Супонинский мог возникнуть в среде, где фамилию записывали «по-благородному», подражая моде на польско-литовские или церковные образцы. Впрочем, это лишь предположение: документальных подтверждений о конкретных носителях фамилии Супонинский в открытых источниках мало, и точную географию её распространения проследить сложно.