Фамилия Супоненко звучит как типичная украинская фамилия, и это действительно так. Ее выдает суффикс -енко, который в XVI–XVII веках в Поднепровье означал «сын» или «маленький», «младший». В современном понимании это просто указание на происхождение от человека по имени или прозвищу Супоня.

Корень здесь — «супонь». В русских и украинских говорах супонью называли ремень, которым стягивали хомут на лошади, или вообще любую затяжку, завязку. Отсюда и прозвище Супоня — так могли назвать либо человека, который шил или чинил упряжь, либо, в переносном смысле, кого-то прижимистого, «затянутого», кто туго завязывает кошелек. Встречается и глагол «супонить» — хмуриться, морщиться, так что прозвище могло относиться и к человеку с суровым, нахмуренным лицом.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за крестьянами центральной России при переписях, фамилии на -енко долго оставались полуфамилиями — родовыми прозваниями, которые не всегда фиксировались в документах. Это значит, что предки Супоненко, скорее всего, были казаками или свободными крестьянами Левобережной Украины или Слобожанщины, где такая модель была основной.

Редкая деталь: в некоторых говорах «супоня» означала не только часть упряжи, но и неловкого, медлительного человека. Если принять эту версию, прозвище могло быть не профессиональным, а бытовым, шутливым. Сравните с однокоренными фамилиями Супонев (встречается в России) и Супоня (прямое прозвище без суффикса) — Супоненко стоит к ним в том же отношении, что и Иващенко к Иванову.