Фамилия Супруненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Софроний. Имя Супрун представляет собой белорусско-украинский просторечный вариант канонического имени Софроний, которое в переводе с греческого означает «благоразумный». По другой версии, в основе фамилии Супруненко лежит прозвище Супрун, которое восходит к аналогичному старинному нарицательному со значением «ворчливый, угрюмый человек». Таким образом, эта фамилия может указывать на особенности характера предка. Поэтому Супруненко буквально понималось как «сын Супруна».