Фамилия Супруненко — один из тех случаев, когда неверное написание в запросе (с двумя «к») не меняет сути: в русском языке её пишут с одной «к» — Супруненко. Это украинская фамилия, и её разбор стоит начать с суффикса, а не с корня. Модель на -енко типична для Поднепровья, Левобережной Украины и частично Слобожанщины. В XVII–XVIII веках этот суффикс означал «сын» или «потомок», а позже закрепился как фамильный, особенно среди казацкой старшины и крестьян. Так что Супруненко — буквально «сын Супруна».

Корень — каноническое имя Супрун. Это народная форма церковного имени Софроний (от греческого «sophron» — здравомыслящий, благоразумный). В украинской традиции имя Софроний через ряд фонетических изменений (Софрон → Супрун) дало распространённое прозвище. На этом этапе стоит оговориться: версия о связи с польским «suprun» (сорванец) или с глаголом «супрунити» (бранить) — слабая и не подкреплена серьёзными ономастическими источниками. Правдоподобнее всего именно происхождение от Софрония, что подтверждается и обилием однокоренных фамилий: Супрун, Супрунов, Супрунюк, Супрунович.

Географически Супруненко чаще всего встречается в Полтавской, Черкасской и Киевской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани. Социальный контекст: многие носители фамилии в XIX веке числились казаками или государственными крестьянами, но встречались и священники (Софроний — имя, популярное в духовенстве). Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века фамилию записывали как Супраненко или Супроненко — из-за акающего произношения, но стандартной осталась форма с «у» в корне.

Таким образом, фамилия Супруненко — прозрачная по составу, характерная для украинской антропонимической традиции, и её носители в большинстве своём потомки человека по имени Супрун, то есть Софроний. Других версий, заслуживающих внимания, нет.