Прозвище происходит от слова «супрун»: так в старину в новгородских говорах называли ворчливого, угрюмого человека. Согласно другой, менее правдоподобной версии, основой для фамилии послужило белорусское имя Супрун, аналог русского Софрон. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Супрун, со временем получил фамилию Супрунова.