Фамилия Сапрунова — женская форма фамилии Сапрунов. Её основа восходит к прозвищу или неканоническому имени Сапрун, которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — «сапун», то есть человек, который сильно сопит, пыхтит, часто с насморком или просто тяжело дышит. Второе значение связано с глаголом «сапать» — работать мотыгой, сапой, рыхлить землю. В этом случае Сапруном могли прозвать земледельца, огородника или того, кто занимался прополкой. Оба варианта правдоподобны, но прозвище по физической особенности встречалось чаще, так как давалось наглядно и без привязки к роду занятий.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе, заканчивающейся на твёрдый согласный. Фамилия Сапрунов фиксируется в документах XVI–XVII веков, в основном в южнорусских и центральных областях — на Рязанщине, в Тульской и Калужской губерниях. Там же встречается и параллельная форма Сапруновский, что указывает на возможное происхождение от названия села или деревни Сапруново (такие топонимы есть в тех же регионах). Впрочем, для большинства носителей фамилии первичным остаётся личное прозвище.

Редкость фамилии Сапрунова в том, что она не получила широкого распространения за пределами средней полосы России. В отличие от массовых фамилий на -ов, образованных от крестильных имён, эта сохранила связь с бытовым, даже несколько грубоватым прозвищем. В белорусском и украинском языках есть однокоренные фамилии Сапрун, Сапруненко, Сапрунович, что подтверждает общеславянский характер основы.

Если говорить о социальном контексте, то в XVIII–XIX веках Сапруновы чаще всего были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией нет — это народная, «низовая» ономастика, что не делает её менее ценной для истории языка.