Фамилию Сапруненко стоит разбирать с конца — с суффикса. Формант «-енко» — типичный украинский патронимический суффикс, который обозначает «сын» или «потомок». В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закреплялись в казацкой среде Левобережной Украины, Слобожанщины и Полтавщины. Поэтому географически Сапруненко — фамилия украинского происхождения, распространённая в основном на востоке и в центре Украины, а также в прилегающих регионах России, куда переселялись малороссы.

Основа фамилии — личное имя Сапрун. Это народная, разговорная форма канонического имени Софроний (от греческого «софрон» — здравомыслящий, благоразумный). На украинской почве имя Софроний дало целый ряд производных: Сапрон, Сапрун, Сапроненко, Сапрунов. Таким образом, Сапруненко — это буквально «потомок Сапруна», то есть человека, которого в быту звали сокращённо от Софрония.

Интересная деталь: в некоторых говорах, особенно в южнорусских и украинских, имя Сапрун могло закрепиться и как самостоятельное прозвище. Связано это с тем, что корень «сапр-» созвучен глаголу «сапеть» или слову «сапун» (тот, кто тяжело дышит, сопит). Поэтому нельзя исключать, что в отдельных случаях прозвище Сапрун давали человеку с тяжёлым дыханием или хриплым голосом. Однако первая версия — от имени Софроний — более вероятна и подтверждается массовостью аналогичных фамилий (Сапронов, Сафронов, Софронов).

Сословная принадлежность носителей фамилии Сапруненко, скорее всего, была смешанной. Среди казаков и крестьян такие патронимы на «-енко» встречались повсеместно. В метрических книгах XIX века Сапруненко фиксируются как мещане и государственные крестьяне в Полтавской, Харьковской и Черниговской губерниях. Дворянских родов с этой фамилией не отмечено — она оставалась в народной среде.