Фамилия Сысоенков образована от старинного русского имени Сысой, которое, в свою очередь, восходит к древнееврейскому имени Сисой. В церковных святцах это имя носил один из ветхозаветных патриархов, поэтому оно попало в православный календарь и получило распространение на Руси после Крещения.

Имя Сисой в народной среде быстро приобрело «простонародное» звучание — Сысой. Такая замена была естественной: звук «и» в безударной позиции произносился как «ы», а мягкое окончание адаптировалось под привычные русские формы. От этого обиходного варианта и пошли многочисленные фамилии: Сысоев, Сысов, Сыса, Сысолин и, наконец, Сысоенков.

Фамилия Сысоенков — патронимическая, то есть указывающая на отца. Её основа — форма Сысоенко, которая в южнорусских и украинских говорах означала «сын Сысоя». Суффикс -енко традиционно был характерен для левобережной Украины и южных областей России, а прибавление к нему финального -в (Сысоенков) — типичный великорусский приём адаптации фамилии. Так носитель фамилии переезжал севернее, и его отчество превращалось в полноправную фамилию по общерусской модели.

Сам по себе суффикс -енко в сочетании с -ов встречается в русских фамилиях нечасто. Обычно он сохранялся без изменений (Сысоенко), либо заменялся на простой -ов (Сысоев). Форма Сысоенков — своеобразный гибрид, свидетельствующий о миграции семьи и смешении культурных традиций. Это делает фамилию отличной от массы однокоренных: по ней можно проследить путь предков с юга на север.

Род занятий первых Сысоенков установить по фамилии невозможно. Она не указывает на профессию или прозвище, а лишь фиксирует имя отца. Следовательно, предки были крестьянами, посадскими людьми или мелкими служителями — теми, кого в старину называли «простыми людьми», не имевшими наследственных прозваний. Имя Сысой в XVIII–XIX веках уже считалось устаревшим, поэтому фамилия Сысоенков могла закрепиться либо в старообрядческой среде, где держались за древние имена, либо в отдалённых деревнях, куда новые веяния доходили позже.

Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, но это не умаляет её ценности. Сысоенковы — типичный пример того, как из личного имени, пройдя через диалекты и миграции, рождается устойчивый родовой знак. Сегодня фамилия встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждает версию о постепенном смещении семьи с южных территорий.