Фамилия Сысоенкова образована от мужского имени Сысой, точнее — от его обиходной формы Сысойко или Сысое. Само имя Сысой восходит к греческому Сисой, которое носил один из раннехристианских подвижников. В русской традиции имя было распространено среди простых людей, особенно в северных и центральных губерниях, поэтому и фамилия встречается чаще всего в тех краях.

Словообразовательная модель здесь простая и показательная. К основе Сысоенк- добавлен суффикс -ов, который в женском роде дает окончание -а. Такой способ типичен для русских фамилий, возникших от имени отца: Сысоенко — это «сын Сысоя», а Сысоенкова — соответственно, жена или дочь этого сына. Интересно, что промежуточная форма Сысоенко с украинским суффиксом -енко указывает на возможную южнорусскую или украинскую подоплеку, хотя в самой фамилии уже закрепился великорусский патронимический суффикс.

Скорее всего, основатель рода Сысоенковых был выходцем из рабочего или крестьянского класса. Имя Сысой не встречалось ни в дворянских родословных, ни в купеческих династиях — его давали в семьях, где не гнались за модой и не тянулись к аристократии. Поэтому фамилия несет отпечаток простонародного быта: она звучит как прозвище, закрепившееся за целым родом, и говорит о том, что предки были людьми земли или ремесла.

В написании фамилии возможны варианты: Сысоева, Сысойкина, Сысоев — все они восходят к тому же имени, но Сысоенкова выделяется двойным суффиксом, который встречается реже. Это делает фамилию немного архаичной, словно она застыла в форме, которую использовали в документах позапрошлого века. Если копнуть глубже, можно заметить, что в некоторых говорах имя Сысой произносили как Сысойко, отсюда и цепочка: Сысойко → Сысойкин → Сысоенков. Такая трансформация типична для северных регионов, где уменьшительные формы имен часто переходили в фамилии без изменений.

Сегодня носительницы фамилии Сысоенкова могут встретить ее в метрических книгах XIX века, где она записана через «е» после «о» — Сысoенкова, но это лишь особенность старой орфографии. В целом фамилия редкая, не растиражированная, и это скорее плюс: она сохраняет прямую связь с конкретным предком, носившим имя Сысой, и не растворилась в массе однотипных ономастических образований.