Фамилия Сюникаев — редкий случай, когда географическое название почти наверняка легло в основу прозвища, а затем и фамилии. Корень здесь — «Сюник» (или «Сюник¹»), историческая область на юге современной Армении, одна из крупнейших провинций Великой Армении. Человек, выходец оттуда, мог получить прозвище Сюник или Сюникай, а его потомки — фамилию Сюникаевы.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ (как, например, у фамилий Ахметов, Ибрагимов). Форма «Сюникай» — это, скорее всего, тюркская или кавказская адаптация армянского названия: в тюркских языках распространён аффикс «-ай», образующий прозвища и личные имена (ср. Копай, Каратай). То есть сперва армянское «Сюник» превратилось в прозвище Сюникай у народов, говоривших на тюркских наречиях (например, у кумыков или ногайцев), а затем, при фиксации в русских документах, к нему добавили фамильный суффикс «-ев».

Вторая версия, менее вероятная, — связь с осетинским словом «сюник» (в некоторых диалектах — «синик», «синук»), означающим «синий» или «голубой». Но для осетинских фамилий типичны суффиксы «-ты» или «-он», а не «-ев», да и география бытования фамилии Сюникаев (Северный Кавказ, Ставрополье) скорее указывает на смешанную армяно-тюркскую среду.

Сословно фамилия не элитарная. Сюникаевы — скорее всего, потомки крестьян, казаков или мелких служащих, переселившихся с Кавказа в центральные губернии России в XIX — начале XX века. В метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия встречается крайне редко, что подтверждает её локальный характер.