Фамилия Сюникаева — один из тех случаев, когда редкость написания бросается в глаза раньше, чем смысл. Сразу бросается в глаза суффикс «-аев»: это не классический «-ов» или «-ин», а вариант, характерный для тюркских и кавказских фамилий, которые оформлялись по русской модели. В данном случае перед нами, скорее всего, женская форма фамилии Сюникаев, а мужской вариант образован по той же схеме.

Основа фамилии — имя или прозвище Сюник. Если отталкиваться от тюркских корней, здесь можно увидеть связь с древнетюркским словом «сюн» (sün) — «копьё», «пика». Прозвище Сюник мог получить воин или человек, владеющий этим оружием, либо мастер, его изготавливающий. Вторая версия — от тюркского «сюн» в значении «честь», «слава», тогда Сюник — это «почётный», «славный». Оба варианта логичны, но первый, с оружием, встречается в ономастике чаще, так как прозвища по роду занятий были распространены.

Интересна и региональная привязка. Фамилия Сюникаева нечасто, но встречается среди народов Северного Кавказа, особенно у кумыков или ногайцев, а также у татар. Суффикс «-аев» вместо «-ов» здесь не случаен: в тюркских языках притяжательная форма часто передаётся через «-ай» или «-а», а русская паспортная система добавила окончание. Таким образом, Сюникаев буквально означает «сын Сюника» или «принадлежащий Сюнику».

Если же предположить более редкий, но возможный вариант происхождения от осетинского или иранского корня, то «сюн» может восходить к «сун» — «поток», «вода». Тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему у реки или родника. Но эта версия менее вероятна, так как не подтверждается массовым бытованием подобных основ у осетин.

В XIX веке, при массовой паспортизации, фамилия закрепилась за одним родом. Носители фамилии Сюникаева, скорее всего, происходят из среды горцев или степняков, где прозвища по внешним признакам или занятиям были обычным делом. Точных данных о сословной принадлежности нет, но можно предполагать, что предки были вольными общинниками, а не крепостными, так как фамилии такого типа в тюркской среде часто фиксировались у узденей (свободных людей).