Фамилия Сюнский — редкий случай, когда прозрачная на первый взгляд форма скрывает неочевидную географию. Суффикс -ский указывает на типичную модель образования от географического названия: такую фамилию мог получить человек по месту жительства или происхождения. Вопрос в том, что стало основой — топоним Сюнск или Сюн.

Вероятнее всего, корень восходит к названию реки Сюнь, протекающей в Татарстане и Башкортостане (левый приток Белой). На её берегах стоит село Старая Сюнь, а также несколько деревень с похожими названиями. Переход звука «нь» в «н» в фамилии — дело обычное для устной речи и письменной фиксации. Тогда Сюнский — это выходец с реки Сюнь или из окрестных поселений. Альтернативная версия связывает фамилию с тюркским словом «сюн» (кость, род), но она менее правдоподобна: суффикс -ский для таких основ нехарактерен, а в русской антропонимии притяжательные формы от тюркских корней чаще дают -ов/-ев.

С точки зрения сословного состава, фамилии на -ский в центральной России чаще принадлежали дворянству и духовенству, но на восточных окраинах, где формировалась эта фамилия, модель была более демократичной: так могли назвать и крестьянина, переселившегося из одного села в другое. География бытования фамилии сегодня — преимущественно Поволжье и Приуралье, что подтверждает связь с местными гидронимами.

Однокоренных фамилий практически нет: Сюнский стоит особняком, не смешиваясь с более частыми Сюниными или Сюньковыми. Эта изолированность — дополнительный аргумент в пользу того, что фамилия образована от конкретного топонима, а не от прозвища.