Фамилия Тапхаева — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа, корень «Тапха-», отчетливо отсылает к бурятскому или монгольскому языковому кругу. В этих языках существует слово «табхай» или близкие к нему формы, означающие «ступня», «подошва», а в переносном смысле — «основание», «фундамент». Однако прямое прозвище по части тела для фамилии маловероятно: скорее всего, в основе лежит имя собственное.

Наиболее правдоподобная версия — происхождение от бурятского мужского имени Тапха (или Табха). В традиционной антропонимии бурят имена нередко давались как обереги или по приметам: Тапха могло быть именем-пожеланием, чтобы ребенок «крепко стоял на ногах», имел прочную основу в жизни. Суффикс «-ев» (через чередование «п»/«б») типичен для русификации бурятских фамилий — так же как в фамилиях Бадмаев, Цыренов, Доржиев. Окончание «-а» указывает на женскую форму: Тапхаева — это «дочь» или «жена» Тапхая.

Географически фамилия тяготеет к Бурятии, Иркутской области и Забайкальскому краю, где компактно проживают буряты. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении от конкретного рода или улуса. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к бурятскому крестьянству или казачеству, но без дополнительных генеалогических изысканий утверждать это с точностью нельзя.

В русском языке фамилия прижилась с ударением на втором слоге — Тапха́ева, хотя в оригинале ударение могло падать на первый слог. Если отбросить женское окончание, мужской вариант — Тапхаев — звучит как типичная «сыновья» фамилия, образованная по той же модели, что и десятки других бурятских фамилий на -ев.