Фамилия Таптунова — женская форма, мужская — Таптунов. В основе её лежит прозвище или нецерковное имя Таптун, и здесь сразу возникает вопрос: что значит это слово? В русском языке «таптун» не встречается, а в говорах Севера и Сибири можно найти глагол «таптать» — то же, что «топтать», но с характерным северным аканьем. Тогда Таптун — человек, который топчет, мнёт что-то: возможно, работник на молотьбе, топтавший зерно, или просто неуклюжий, тяжёлый на ногу человек.

Но есть и другая версия, более конкретная. В архангельских и поморских говорах «таптун» — это тот, кто ходит босиком, «топчет» землю ногами. Прозвище могли дать босоногому крестьянину, рыбаку или охотнику, привыкшему к холоду. Фамилия явно северного происхождения: суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ, а акающий вариант «таптун» вместо «топтун» указывает на севернорусские говоры — Вологодчину, Архангельскую область или Коми.

Редкость фамилии подтверждает её локальный характер. Таптуновы — не дворяне и не купцы, а скорее крестьяне или посадские люди Русского Севера. В документах XVII–XVIII веков такая фамилия могла закрепиться за одной семьёй в глухой деревне. Сравните с однокоренными «Топтунов» или «Таптыгин» — все они из одного гнезда, где основа — звукоподражательное «топ-топ». Но Таптунова, с её северным произношением, стоит особняком: она не просто «топтатель», а человек, чьё прозвище записано так, как слышали в говоре.