Фамилия Топтунова образована от прозвища Топтун, в основе которого лежит глагол «топтать». Обычно так называли человека, который топал при ходьбе. Иногда такое прозвище давали нерешительному, растерянному человеку (от выражения «топтаться на одном месте»). Таким образом, эта фамилия может указывать на особенности походки, либо на характер предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Топтун, со временем получил фамилию Топтунова.